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明治四十五年、雪の小樽。元新撰組隊士・永倉新八は、謎の女性・市川真琴に請われ、血と魂の記憶を語り始める。
物語は幕末の江戸。
喧嘩に明け暮れる「バラガキ」土方歳三は、道場破りの末に天然理心流「試衛館」の主・近藤勇と運命的に出会う。その圧倒的な強さと人間性に心酔した土方は、山南敬助、沖田総司や斉藤一といった仲間たちと共に、初めて「家族」と呼べる場所を見つける。
そして、「家族」のために土方は江戸の町を騒がせる辻斬りとの対決に臨み、命を燃やす勝負の中で初めて魂から分かり合える「友」・岡田以蔵と出会うことになる。

物語は、後に「人斬り」と恐れられる男、岡田以蔵の悲劇から始まる。純粋に強さを求める心優しい青年だった彼は、師・武市半平太の冷酷な謀略によって心を壊され、復讐の念から最初の刃を振るう。
以来、彼はただ命じられるままに人を斬り続ける、魂のない人斬りへと堕ちていった。
京の闇で、土方歳三は変わり果てた友・以蔵と再会する。壬生浪士組副長としての使命と、断ち切れない友情との間で葛藤する土方。二人の勝負は、互いの命を削る壮絶な死闘へと発展する。
しかし、血と刃が交錯する中で、二人は剣を交える純粋な喜びを思い出し、最後は拳で互いの魂を確かめ合う。それは、血の宿命に引き裂かれる二人の、最初で最後の魂の救済だった。

壬生浪士組に再び悲劇の刃が突き立てられる。近藤派の若き隊士・佐々木愛次郎が無残に殺害されたのだ。師である永倉新八は、静かなる復讐鬼と化し、単身で犯人である芹沢派の間者・佐伯又三郎を壮絶な死闘の末に討ち取る。

しかし、それは副長・新見錦が仕掛けた巧妙な罠だった。仇討ちを果たした永倉は「私闘を禁ず」という【局中法度】を破った罪で切腹の窮地に。仲間を救うため、近藤勇は全てのプライドを捨てて土下座し、
その結果、近藤派は全役職を剥奪され、完全に失脚するという最大の屈辱を味わうこととなる。